Биологический музей был открыт в 2001 г. Его экспозиция была оформлена силами преподавателей и студентов факультета. Весомую помощь в создании музея оказал ректорат вуза. Организатором собирания и накопления зоологических объектов для будущего музея является бывший заведующий кафедрой зоологии и экологии кандидата биологических наук Иван Михайлович Олигер.
Некоторые экспонаты Биологического музея имеют 100-летнюю давность: влажные препараты уникальных экземпляров рыб, рак-богомол, морской паук были переданы из музея Казанского императорского университета.
Первые коллекции (около 70 экземпляров птиц, соня, хомяк и др. млекопитающие) для кабинета зоологии были собраны в 1952 г. в ходе экспедиции на реки Суру и Волгу под руководством И.М. Олигера. В дальнейшем коллекционный фонд пополнялся за счет ежегодных экспозиций, организованных им же. Первые чучела животных также изготовлял сам И.М. Олигер. В фондах Биологического музея хранятся и чучела, выполненные преподавателями А.Б. Зиминым и А.И. Олигером. Коллекции музея дополняли и студенческие находки.
Многие зоологические объекты получены в дар от известных чувашских коллекционеров, преподавателей и выпускников биолого-химического факультета. Так, черепаха из Вьетнама была подарена преподавателями Эгерского педагогического института Венгрии.